In tegenstelling tot de slaapmiddelen die door de huisarts op recept voorgeschreven worden, geeft melatonine zeer zelden bijwerkingen. Het werkt niet verslavend en ook autorijden de volgende dag is geen probleem. Wel wordt geadviseerd melatonine niet te slikken bij auto-immuunziekten, zwangere vrouwen en vrouwen die borstvoeding geven.